Pada awal bulan Ogos Sudirman mendekati Sukarno dan meminta beliau untuk meneruskan perang gerila; Sudirman tidak menjangka Belanda untuk mematuhi Perjanjian Roem-Royen, berdasarkan kegagalan perjanjian sebelumnya. Sukarno tidak bersetuju, yang merupakan satu tamparan kepada Sudirman. Apabila Sudirman mengancam untuk meletakkan jawatan, menyalahkan yang tidak konsisten kerajaan untuk batuk kering dan kematian Oerip pada November 1948, Sukarno mengancam untuk berbuat demikian juga.[106][138][139] Kerana beliau berfikir bahawa peletakan jawatan yang akan mempunyai kesan yang menggugat kestabilan, Sudirman tinggal tangannya,[140] dan gencatan api seluruh Jawa berkuat kuasa pada 11 Ogos 1949.[141]

Terus mengalami batuk kering, Sudirman telah diperiksa ke hospital Panti Rapih,[140] di mana beliau berkhidmat sehingga bulan Oktober, apabila beliau telah dipindahkan ke sanatorium di berdekatan Pakem.[142] Hasil daripada penyakitnya, Sudirman membuat beberapa penampilan awam.[143][144][145] Sudirman telah dipindahkan ke sebuah rumah di Kuala Kangsar pada bulan Disember.[146] Dalam pada itu, kerajaan Indonesia dan Belanda mengadakan sidang beberapa bulan panjang yang mengakibatkan pengiktirafan kedaulatan Belanda Indonesia pada 27 Disember 1949.[147] Sudirman, walaupun sakit, telah disahkan semula hari itu sebagai komander bertugas daripada TNI, kini berkhidmat di Republik Indonesia yang baru ditubuhkan. Pada 28 Disember, Jakarta sekali lagi menjadi ibu negara.[142]

Sudirman meninggal dunia di Magelang pada pukul 18:30 pada 29 Januari 1950; ini dilaporkan dalam siaran khas ke atas RRI.[143] Apabila menerima berita kematiannya, rumah keluarga Sudirman menerima banyak pengunjung, termasuk keseluruhan daripada 9 Briged, yang ditempatkan berdekatan.[146] Pada pagi berikutnya, jenazah Sudirman telah dibawa ke Yogyakarta. Pabila konvoi pengebumian berlalu, yang diketuai oleh empat kereta kebal dan terdiri daripada lapan puluh kenderaan motor,[145] beribu-ribu orang yang berkabung berdiri di sisi jalan-jalan. konvoi itu dianjurkan oleh ahli-ahli Briged ke-9.[146]

Tontonan, yang diadakan di Masjid Agung Yogyakarta pada sebelah petang, telah dihadiri oleh pelbagai golongan elit politik dan tentera dari kedua-dua Indonesia dan negara-negara asing; ini termasuk Perdana Menteri Abdul Halim, Menteri Pertahanan Hamengkubuwana IX, Menteri Kesihatan Johannes Leimena, Menteri Kehakiman Abdoel Gaffar Pringgodigdo, Menteri Penerangan Arnold Mononutu, Panglima Tentera Udara Soerjadi Soerjadarma, Kolonel Paku Alam VIII, dan Suharto. Tontonan yang telah ditutup dengan tabik 24-gan.,[145] Jenazah Sudirman telah dibawa ke Perkuburan Pahlawan Semaki dengan berjalan kaki, dengan orang ramai yang berkabung 2 kilometer (1.2 batu) panjang di belakang.,[145] Beliau telah dikebumikan bersebelahan dengan Oerip, selepas satu lagi tabik gan. Isterinya mengisi sudu pertama kotoran,[148] diikuti oleh menteri-menteri kerajaan. Kerajaan negara mengarahkan bendera untuk dikibar separuh tiang di seluruh negara,[144] dan Sudirman telah dinaikkan pangkat kepada umum penuh. Mejar-Jeneral Tahi Bonar Simatupang telah dipilih sebagai pemimpin baru angkatan tentera.[145] Memoir Sudirman telah diterbitkan pada tahun yang sama; satu siri ucapan beliau juga telah diterbitkan pada tahun 1970.[149]